
まずはページ全体を管理するため、新規プロジェクトを作成します。

とりあえず、8ページの漫画を見開き単位で描くということで作成します。この設定はあとで変えることができます。
用紙設定は同人漫画テンプレを使うことにします。これはデフォルトに入っています。

このようなプロジェクトができました。これでページ全体を管理します。

どれかページを選択したままこのコマンドを出して個別ページを設定します。

最初に設定したデフォルトで入っている同人原稿用原稿用紙設定を使います。チェックが入っているのでそのままOKを押して決定。他の設定を適用することもできます。

できたページをダブルクリックするとそのページの個別ファイルが開けます。作業画面の参考のために全体のスクショ紹介。

見開き単位でネームをするためファイルを二つ開いて並べます。ネームは見開き単位でするとバランスが取りやすかったり流れを把握しやすいと思います。この辺はお好みで。

見開き単位で割り振りしました。私の場合はプロットを練ってあって、それにそってシーンの割り振りをしています。時間がかかる絵はとりあえず文字でメモ。簡単な絵だと文字ではなく、絵をざっくり描いてしまいます。私の場合ですが、とにかく全体を手早く構成してしまいます。そうすると安心して作画していける気がします…。作画で悩むのは後です。すでにコマ割りに悩むのですし…(笑) 文字でメモできるということはどんな絵が入るかというのは頭にあるということです。あとで妥協して変える場合もあります…。

ざっくりと絵を入れました。ネームにあたりますが、下絵の下絵としても使います。レイヤーの色設定については
こちらの講座参照。
セリフも入れます。フキダシも入れてしまっていいかもしれないです。フキダシレイヤーの下にホワイトマスクというレイヤーがありますが、これは下の絵が透けないようにするため、白で塗りつぶしたものを置いています。詳しくは
こちらの講座参照。
枠線も引いています。枠線については
こちらの講座参照。

ネームを参照して下絵を描きました。ネームレイヤーは捨ててしまってもいいです。レイヤーフォルダがないので適宜レイヤーを削除したほうがいいかも。

ペン入れをしました。1bppレイヤーにブラシツールのペン設定でペン入れします。レイヤーに関しては
こちらの講座参照。
1bppレイヤーはグレーがない白黒だけのレイヤーです。軽いのでペン入れはこれで。下描きは8bppレイヤーで行ってました(ブラシツールの鉛筆設定を使用してグレーで下描きしたほうがアナログに近い感覚)
ブラシツールについては
こちらを参照。

ベタを入れました。レイヤーを別にしていても線が閉じているところはバケツで塗りつぶせるのがありがたいです。Photshopだと同じレイヤーでないとバケツ塗りができないので。

アミトーンを貼ります。アミトーンはレイヤーの設定で貼ります。実際はグレーをバケツ塗りしているのですが、レイヤーで線数指定しているので網点化されます。トーンに影をつけたい場合はそれより濃いグレーで塗ることになります。
以上、ハーフトーン表示を利用したトーン処理については詳しくは
こちらの講座参照。
角度をつけて重ね貼りしたい場合は、別レイヤーで別の貼り方をして手動で角度を設定したりします(私は角度変えてトーンを貼るということはやらないですが…)

アミトーン以外のトーンを貼ります。これは選択範囲ツールで選択範囲をとって、パターンツールで貼ります。パターンはデフォルトで登録されているものもありますが、大部分は自分で登録しないと数はそんなにないです。
パターンの貼り方は
こちらの講座参照。
パターンを登録する方法は
こちらの講座参照。
これで完成です!
あとはpsdファイルなどで書き出します。プロジェクト単位で一括で書き出しもできますし、ファイル単位で書き出すこともできます。